Программное обеспечение TissueQuest производства TissueGnostics (Австрия)
TissueQuest – аналитическое программное обеспечение для анализа образцов, окрашенных флуоресцентными красителями.
Программное обеспечение TissueQuest позволяет производить FACS-подобный анализ изображений образцов, окрашенных флуоресцентными красителями, в том числе полученных на конфокальных системах.
Анализ флуоресцентных маркеров
Программное обеспечение TissueQuest обеспечивает проведение анализа в трех режимах:
- Анализ клеточных структур (ядро, цитоплазма мембраны, органеллы)
- Анализ окрашенных областей
- Анализ точек, например, FISH (fluorescence in situ hybridization)
Анализ может быть проведен как для всего препарата, так и для вручную выделенных регионов интереса.
Однажды созданный профиль анализа может быть в дальнейшем использован для автоматизации исследования аналогичных образцов.
Новые возможности программного обеспечения TissueQuest 6.0
Последняя версия TissueQuest 6.0 обладает новыми функциями, которые улучшают обработку больших образцов или большого количества образцов в одном проекте, а так же увеличивают скорость работы программного обеспечения.
- Полная поддержка 64 бит значительно увеличивает количество образцов, которые могут быть проанализированы в одном проекте.
- Были интегрированы новейшие библиотеки обработки, чтобы уменьшить время обработки на 40%.
- Используется кэш из проектов TissueFAXS, что минимизирует время ожидания при загрузке проекта в программу просмотра.
- Новый механизм коррекции затухания флуоресценции.
Автоматизация работы с TissueQuest
Программное обеспечение TissueQuest предлагает полностью автоматический процесс анализа, основанный на шаблонах и оптимизированный для клинических рутинных и исследовательских приложений. ПО TissueQuest позволяет анализировать образцы без участия пользователя. Задача оператора – загрузить образцы в программу и решить, какая степень автоматизации процесса необходима: полностью автоматический процесс «запустил и ушел», автоматический с пользовательской проверкой или полный контроль проведения анализа пользователем.
Технология Tissue Cytometry (тканевая цитометрия)
Компания TissueGnostics представила технологию тканевой цитометрии более десяти лет назад. Технология Tissue Cytometry – не просто еще один способ отображения данных, как может показаться на первый взгляд.
Сочетание сегментации изображений с простыми интуитивными инструментами визуализации позволяет валидировать результаты. Возможность визуализировать на изображении данные, выбранные на графике (гистограмме, скатерограмме), получила название Backward Gating (обратное гейтирование).
Процедура Backward Gating универсальна и может быть применена для любых измеряемых параметров на гистограмме или скатерограмме.
Фильтрация морфологических параметров с использованием технологии тканевой цитометрии в сочетании с надлежащим планированием анализа создает очень гибкий и многозадачный инструмент для извлечения конкретных данных из образца.
Алгоритмы анализа изображений TissueQuest
TissueQuest использует запатентованные алгоритмы для ядерного и клеточного разделения. Также для анализа используются алгоритмы определения окрашенных областей и детекции точек внутри уже распознанных клеточных элементов.
Алгоритм сегментации ядер чрезвычайно эффективен в сложных случаях, например, когда на препарате наблюдается высокая плотность клеток разных типов. В сочетании с алгоритмом определения границ клеток алгоритм сегментации обеспечивает превосходные возможности для точного анализа.
На изображении ниже показан пример автоматической идентификации.
Еще один алгоритм общего определения окрашивания позволяет детектировать все структуры, окрашенные одним красителем.
Алгоритм детекции точек гарантирует идеальное обнаружение маленьких точек для FISH и других приложений, в которых необходима количественная оценка малых объектов внутри клеток и их колокализация.
Изображения ниже демонстрируют количественную оценку точек, меченных FITC и TxRed, внутри ядер.
Поддержка анализа тканевых матриц
TissueQuest полностью поддерживает анализ TMA (Tissue Microarrays, тканевые матрицы) блоков, отсканированных либо аналитическими системами TissueFAXS, либо сканерами сторонних производителей, которые совместимы с ПО TissueQuest.
Возможности экспорта данных TissueQuest
Программное обеспечение TissueQuest дает возможность экспортировать данные анализа в четырех режимах: от простых сборных отчетов для внутренних презентаций до выборочного экспорта данных из всех проектов анализа или из полного научного проекта. Существует специальная функция экспорта данных, которая была подготовлена в соответствии с требованиями патологоанатомов для анализа FISH.
Все режимы экспорта данных могут выдавать результаты в форматах Excel, CSV и pdf.
Другие функции программного обеспечения TissueQuest
Функции TissueQuest включают возможность регистрации и сравнительного анализа для различных окрашенных последовательных выборок.
Совместимость и интеграция программного обеспечения TissueQuest
ПО TissueQuest интегрировано в состав аналитических систем:
- TissueFAXS Fluo
- TissueFAXS PLUS
- TissueFAXS SL
- TissueFAXS i Fluo
- TissueFAXS i PLUS
- TissueFAXS Confocal PLUS
TissueQuest может использоваться как самостоятельное программное обеспечение.
TissueQuest обеспечивает поддержку проектов, созданных с помощью программ сторонних производителей:
- 3D Histech (.mrxs)
- Hamamatsu (.ndpi)
- Zeiss Axio Scan (.czi)
- Perkin Elmer (.qptiff)
- 8-битные монохромные изображения в оттенках серого (по одному изображению на канал) в форматах .jpeg, .tif, .bmp, .png
