Программное обеспечение HistoQuest производства TissueGnostics (Австрия)
HistoQuest – аналитическое программное обеспечение для анализа образцов, окрашенных иммуногистохимическими и гистохимическими красителями.
Программное обеспечение HistoQuest позволяет производить FACS-подобный анализ светлопольных изображений образцов, окрашенных обычными гистохимическими красителями.
Анализ иммуногистохимических маркеров
HistoQuest обеспечивает проведение анализа в трех режимах:
- Анализ клеточных структур (ядро, цитоплазма мембраны, органеллы)
- Анализ точек (например, CISH – chromogenic in situ hybridization)
- Анализ скелетизации для окрашенных мембран
Анализ может быть проведен как для всего препарата, так и для вручную выделенных регионов интереса.
Однажды созданный профиль анализа может быть в дальнейшем использован для автоматизации исследования аналогичных образцов.
Новые программного обеспечения возможности HistoQuest 6.0
Температурная карта в скатерограммах показывает количественное распределение объектов.
Автоматизация работы с HistoQuest
Программное обеспечение HistoQuest предлагает полностью автоматический анализ, основанный на шаблонах и оптимизированный для клинических рутинных и исследовательских приложений.
ПО HistoQuest позволяет проводить анализ без участия пользователя. Пользователь должен только загрузить образцы в программное обеспечение и решить, какая степень автоматизации процесса необходима: полностью автоматический процесс «запустил и ушел», автоматический с проверкой пользователем или полный контроль проведения анализа пользователем.
Технология Tissue Cytometry (тканевая цитометрия)
Компания TissueGnostics представила технологию тканевой цитометрии более десяти лет назад.
Технология Tissue Cytometry – не просто еще один способ отображения данных, как может показаться на первый взгляд.
Сочетание сегментации изображений с простыми интуитивными инструментами визуализации позволяет валидировать результаты. Возможность визуализировать на изображении данные, выбранные на графике (гистограмме, скатерограмме), – Backward Gating (обратное гейтирование).
Процедура Backward Gating универсальна, может быть произведена для любых измеряемых параметров на гистограмме или скатерограмме.
Этот пример показывает визуализацию ядер, позитивных к Ki-67.
Во втором примере Backward Gating используется для визуализации клеток с окраской Her-2NEU, детектированных алгоритмом скелетизации и имеющих угол закрытия более 180 градусов.
Фильтрация морфологических параметров с использованием технологии тканевой цитометрии в сочетании с надлежащим планированием анализа обеспечивает очень гибкий и многозадачный инструмент для извлечения конкретных данных из образца.
Алгоритмы анализа изображений HistoQuest
Окрашенное изображение в светлом поле для анализа необходимо разделить на изображения, соответствующие цветовым компонентам, HistoQuest предлагает два алгоритма разделения цветов.
Первый алгоритм полностью автоматический – детектирует и разделяет два цвета с возможностью дополнительно добавить третий.
Второй алгоритм цветоразделения полуавтоматический и может разделить неограниченное количество цветов с большой точностью (см. ниже детекция мышц, коллагена и эластина).
После разделения цветов HistoQuest использует специальные алгоритмы для обнаружения границ ядер и клеток, обнаружения окрашенной области, а также алгоритмы поиска отдельных точек внутри уже обнаруженных объектов.
Алгоритм разделения ядер высокоэффективен в сложных ситуациях и позволяет настраивать два значения – размер ядра и пороги фона канала ядерной окраски.
Алгоритм определения границ клетки обеспечивает большую гибкость работы с помощью нескольких простых настроек (см. ниже, желтый – клетки с сегментированными ядрами, синий – клетки с ярами, положительными к DAB, или цитоплазмой, положительной к маркеру Permanent Red).
Алгоритм определения общей площади сегментирует окрашенные области на образце (см. выше детекция мышц, коллагена и эластина).
Алгоритм детекции точек обеспечивает идеальное обнаружение маленьких точек для CISH, ISH и других приложений, в которых необходима количественная оценка малых объектов внутри клеток.
Изображения ниже демонстрируют количественную оценку EGFR RNA точек внутри ядер.
Простой контекстный анализ может быть легко проведен в программе HistoQuest с использованием инструментов выделения регионов интереса. Выделение региона занимает совсем немного времени и позволяет разделить данные эпителиальных площадей и стромы в образце.
Поддержка анализа тканевых матриц
HistoQuest полностью поддерживает анализ TMA (Tissue Microarrays, на русском) блоков, отсканированных либо аналитическими системами TissueFAXS, либо сканерами сторонних производителей, которые совместимы с ПО HistoQuest.
Возможности экспорта данных HistoQuest
Программное обеспечение HistoQuest предоставляет четыре режима экспорта данных анализа: от простых сборных отчетов для внутренних презентаций до выборочного экспорта данных из всех проектов анализа или из полного научного проекта. Существует специальная функция экспорта данных, которая была подготовлена в соответствии с требованиями патологов для анализа FISH.
Все режимы экспорта данных записывают результат в форматы Excel, CSV и pdf.
Другие функции программного обеспечения HistoQuest
Функции HistoQuest включают возможность регистрации и сравнительного анализа для различных окрашенных последовательных выборок.
Совместимость и интеграция программного обеспечения HistoQuest
ПО HistoQuest интегрировано в состав аналитических систем:
- TissueFAXS Histo
- TissueFAXS PLUS
- TissueFAXS SL
- TissueFAXS i Histo
- TissueFAXS i PLUS
- TissueFAXS Confocal PLUS
HistoQuest может использоваться как самостоятельное программное обеспечение.
HistoQuest обеспечивает поддержку проектов, созданных сторонними производителями:
- 3D Histech (.mrxs)
- Хамамацу (.ndpi)
- Zeiss Axio Scan (.czi)
- Leica (.scn)
- Aperio (.svs)
- Изображения (.jpeg, .tif, .bmp, .png)
